Forschungszulage: Fünf Fragen, die jeder CFO jetzt stellen sollte

„Den Antrag kann ein Berater vorbereiten. Gestellt wird er vom Unternehmen, und die Geschäftsleitung steht für die Angaben ein“, sagt Helmut Haimerl, Geschäftsführer der Steinbeis Technologie- & Innovationsberatung GmbH in München. „Das gilt für unsere Mandanten genauso wie für alle anderen.“

Fünf Fragen an den eigenen Antrag

Haimerl rät dazu, die eigenen Unterlagen in Ruhe durchzugehen, bevor das Finanzamt Fragen stellt. Fünf Punkte zeigen schnell, wo ein Unternehmen steht.

1. Entspricht die Vorhabensbeschreibung im BSFZ-Antrag dem, was die Entwickler tatsächlich getan haben?
2. Wer hat die Stundenzettel erstellt, und auf welcher Beleggrundlage?
3. Passen die geltend gemachten Stunden je Mitarbeiter zu Arbeitsvertrag, Abwesenheiten und anderen Projekten?
4. Liegen Testprotokolle, Versuchsberichte oder Commit-Verläufe vor, die die bescheinigten Arbeitspakete belegen?
5. Hat der Steuerberater den Antrag auf Forschungszulage und die zugrunde liegende Kostenaufstellung geprüft?

„Wer auf alle fünf Fragen eine belegbare Antwort hat, kann einer Prüfung gelassen entgegensehen“, so Haimerl.

Zwei Prüfebenen, zwei Zuständigkeiten

Die Bescheinigung der BSFZ bestätigt, dass ein Vorhaben Forschung und Entwicklung im Sinne des Gesetzes ist. Über die Kosten sagt sie nichts. Ob die geltend gemachten Stunden und Aufwendungen stimmen, prüft das Finanzamt eigenständig. Im Regelfall geschieht das über die Veranlagungsstelle, bei größeren Unternehmen oder Auffälligkeiten über die Betriebsprüfung.

Der Bescheid ergeht regelmäßig unter dem Vorbehalt der Nachprüfung. Die Festsetzungsfrist beträgt regulär vier Jahre, bei leichtfertiger Steuerverkürzung fünf und bei Steuerhinterziehung zehn Jahre (§ 169 AO). Wird die Zulage gekürzt, ist der Rückzahlungsanspruch zu verzinsen (§ 11 FZulG).

Der Antrag beim Finanzamt gehört in die Hand des Steuerberaters

Der Antrag auf Festsetzung der Forschungszulage wird über ELSTER beim Finanzamt gestellt. Die Finanzverwaltung wertet die Unterstützung dabei als Hilfeleistung in Steuersachen. Sie ist Steuerberatern und anderen dazu befugten Personen vorbehalten. Davon zu unterscheiden ist der Bescheinigungsantrag bei der BSFZ, der die technische Beurteilung des Vorhabens betrifft.

„Wir bereiten Kostenaufstellung und Nachweise vor. Den Antrag beim Finanzamt stimmen wir immer mit dem Steuerberater des Unternehmens ab, und genau das empfehlen wir jedem Antragsteller dringend“, sagt Haimerl.

Wenn Angaben nicht stimmen

Stellt die Geschäftsleitung nachträglich fest, dass ein Antrag unrichtige oder unvollständige Angaben enthielt, besteht nach § 153 AO eine Pflicht zur unverzüglichen Anzeige und Berichtigung. Sie trifft die gesetzlichen Vertreter persönlich. Eine leichtfertige Steuerverkürzung kann als Ordnungswidrigkeit mit einem Bußgeld von bis zu 50.000 Euro geahndet werden (§ 378 AO). Wie und wann berichtigt wird, ist eine Frage für den Steuerberater.

Stundenaufzeichnungen dürfen auf Basis vorhandener Belege wie Commit-Verläufen, Kalendereinträgen oder E-Mails rekonstruiert werden, wenn das Ergebnis plausibel und nachvollziehbar ist. Unterlagen, die erst nach Ankündigung einer Prüfung entstehen, akzeptiert das Finanzamt nicht.

„Die meisten Fehler sind nicht böswillig. Sie entstehen schlicht aus Unkenntnis der Anforderungen“, betont Haimerl. „Und diese lassen sich beheben, bevor das Finanzamt gezielte Fragen stellt.“

Neuer Praxisratgeber erscheint am 20. Oktober

Wie eine prüfungsfeste Dokumentation von Beginn an aufgebaut wird, beschreibt Haimerl in seinem Buch „Der Praxisratgeber zur Forschungszulage“ mit dem Untertitel „Rechtsanspruch statt Ermessen“. Es erscheint am 20. Oktober 2026 in der Steinbeis-Edition. Das Handbuch führt Geschäftsführung, CFOs, Steuerabteilungen und FuE-Controlling durch das zweistufige Verfahren von der BSFZ-Bescheinigung bis zur Festsetzung über ELSTER.

Eigene Kapitel behandeln die auditsichere Dokumentation mit Stundennachweis, Work Logs und Kostenträgerstruktur sowie das Risikomanagement bei Ablehnungen, Projektänderungen und dem Kumulierungsverbot. Ein Anhang mit Musterdokumenten, Checklisten und einem Audit-Ready-Toolkit ergänzt den Text.

Helmut Haimerl, Der Praxisratgeber zur Forschungszulage. Rechtsanspruch statt Ermessen. Steinbeis-Edition 2026, 108 Seiten, Hardcover. Print 49 Euro, ISBN 978-3-95663-335-5. E-Book 39 Euro, ISBN 978-3-95663-336-2. Rezensionsexemplare auf Anfrage. Weitere Informationen unter steinbeis-beratungszentrum.com/praxisratgeber-forschungszulage

Service für Unternehmen

Die Steinbeis Technologie- & Innovationsberatung prüft Stundenerfassung und Projektdokumentation kostenlos und unverbindlich auf Betriebsprüfungsrisiken. Das Angebot gilt auch für Anträge, die nicht von Steinbeis begleitet wurden. Im Mittelpunkt steht die technische und dokumentarische Seite, die steuerliche Würdigung bleibt beim Steuerberater des Unternehmens. Weitere Informationen unter steinbeis-beratungszentrum.com/forschungszulage-betriebspruefung